Đại học Nagasaki có tiền thân là trường y lâu đời nhất Nhật Bản tên là Igaku Denshusho, thành lập vào năm 1857. Ngày 31/5/1949, theo Luật thành lập trường đại học quốc gia, trường Đại học Nagasaki ra đời với cơ chế mới như một trường đại học tổng hợp và trở thành Hội đồng Đại học quốc gia vào tháng 4/2004.
Đại học Nagasaki có tất cả 9 khoa, 6 chuyên ngành Cao học và 2 viện nghiên cứu và quan tâm xúc tiến các nghiên cứu đặc biệt như Y học nhiệt đới, Bệnh nhiễm trùng, Tia X,... Trường có trung tâm nghiên cứu ở Kenya, Việt Nam và Ukraine và thường xuyên trao đổi học thuật, sinh viên, thắt chặt mối quan hệ với hơn 200 trường đại học ở nước ngoài.
Hiện nay, với khoảng 457 du học sinh đến từ 43 quốc gia trên thế giới như Trung Quốc, Hàn Quốc, Việt Nam, Kenya, Hà Lan,... trường nhiệt tình hỗ trợ các du học sinh trong việc học tập và nghiên cứu. Bên cạnh đó, trường cũng có chương trình du học ngắn hạn trong 1 năm dành cho đối tượng học bằng tiếng Anh.
Năm 2008, Tiến sĩ Osama Shimomura - từng theo học tại trường Đại học Nagasaki - đã được trao giải Nobel Hóa học cho nghiên cứu Protein phát ánh sáng xanh lục (GFP).
Đại học
Cao học
Viện nghiên cứu
Dành riêng cho du học sinh, Đại học Nagasaki trang bị 2 “Nhà Giao lưu Quốc tế” ở Nishimachi và Sakamoto với sức chứa khoảng 180 người. Nhà Quốc tế Nishimachi nằm cách cơ sở chính Bunkyo khoảng 15 phút đi bộ, Nhà Quốc tế Sakamoto nằm cách cơ sở Sakamoto (cơ sở của các khoa y dược và viện nghiên cứu) khoảng 10 phút đi bộ.
Các nhà được trang bị đầy đủ tiện nghi cho sinh hoạt thường ngày để sinh viên có thể bắt đầu cuộc sống mới thật thoải mái ngay từ đầu tiên đến Nagasaki.
Tháng 4/2015, Ký túc xá Quốc tế HORTENSIA được hoàn thành với kiểu phòng chung chia sẻ giữa 3 sinh viên người Nhật và 1 sinh viên quốc tế.
Trung tâm Giáo dục Quốc tế Liaison sẽ hỗ trợ du học sinh trong những vấn đề về phương diện học tập lẫn đời sống. Văn phòng của trung tâm thường xuyên có các nhân viên giao tiếp bằng ngôn ngữ Anh, Trung, Hàn nhằm có thể giúp đỡ những sinh viên còn bỡ ngỡ với Nhật Bản và các phong tục tập quán ở đất nước này.
Đại học Nagasaki có học bổng của Hiệp hội Dịch vụ Sinh viên Nhật Bản (JASSO), các công ti địa phương cũng như học bổng và trợ cấp nghiên cứu của trường. Ngoài ra, trường cũng có chính sách miễn học phí toàn phần hoặc bán phần cho những sinh viên đạt thành tích cao nhưng gặp khó khăn về tài chính. Niên khóa 2015, trường đã có khoảng 60% sinh viên quốc tế nhận được sự hỗ trợ tài chính như vậy.
Trung tâm Giáo dục Quốc tế Liaison của trường sẽ hỗ trợ sinh viên quốc tế phát triển kỹ năng tiếng Nhật trong học tập cũng như đời sống thường ngày. Không chỉ sinh viên mà cả người thân trong gia đình cũng có thể tham gia các lớp học tiếng Nhật của trung tâm tùy theo khả năng ngoại ngữ của mình. Trung tâm cũng có các lớp dạy Trà đạo và nghệ thuật cắm hoa để sinh viên và gia đình có cơ hội tiếp xúc với những nét văn hóa truyền thống của Nhật Bản.